ELEX II se déroule à nouveau dans le monde de science-fantasy post-apocalyptique de Magalan – avec des environnements gigantesques qui peuvent être explorés librement grâce au jetpack. Vous vous déplacez ainsi à votre guise dans l'histoire épique. Quelques années après la victoire de Jax sur l'hybride, une nouvelle menace apparaît dans le ciel, qui a libéré les dangereux pouvoirs de Dark Elex et met en danger toute vie sur la planète. Pour protéger la paix sur Magalan et la sécurité de sa propre famille, Jax doit partir en mission et convaincre les factions de s'unir contre les envahisseurs hostiles. Ce faisant, il est également à la recherche de son fils Dex, qui a été séparé de lui. Plongez dans un monde immense, fait à la main et unique en son genre, avec différentes factions et environnements dans un univers post-apocalyptique de science-fantasy.